흥천사는 조선 태조임금이 신덕왕후를 정릉에 모시고 왕비의 명복을 빌기 위하여 1396년에 착공하여 1397년에 170여 칸이나 되는 큰 절로 창건된 절이다. 숭유억불(유교를 높여 소중히 여기고 불교를 억제함)의 시대적 조류 아래에서도 왕실의 지원과 장려를 받으며 꾸준히 법통을 이어 갔다. 그러나 성종 이후 왕실의 지원이 줄면서 퇴락하기 시작했다. 1504년(연산군 10년)에는 화재가 일어나 전각이 완전히 소실되고 사리전만이 화재를 면했는데 1510년(중종 5년)에는 사리각까지 불타 완전히 폐허가 되었고 절터는 대신들에게 분배되었다.

그 뒤 1569년(선조 2년)에 왕명에 따라 함취정유지(含翠亭遺址)로 절을 옮겨 짓고 신흥사(新興寺)라 이름을 고쳤다. 1794년(정조 18년)에 새롭게 고쳐 지으면서 지금의 자리로 옮겼고, 1865년(고종 2년)에 흥선대원군의 지원으로 대방과 요사를 짓고 절을 고쳐 지은 뒤 다시 흥천사라는 이름을 되찾았다. 이때 대원군이 손수 흥천사라고 써준 사액현판이 흥천사에 전해지고 있다.
최초의 원찰 흥천사를 복원한 후 봉국사, 경국사도 정릉 원찰로 지정되어 정릉의 원찰은 모두 세 곳이 되었다.